Аптекарский остров или, как его называли первоначально, Вороний остров, стал местом, куда почти 300 лет назад был переведен Аптекарский приказ. После этого Аптекарский сад, разбитый вокруг приказа и имеющий своей целью выращивание лекарственных и полезных растений, переименовывался неоднократно, пока за ним не закрепилось окончательно название Ботанического сада.

Связано это с тем, что небольшое поначалу Ботаническое отделение сада, занимавшееся разведением тропических и экзотических растений, переросло в более серьезную структуру — Сад Императорский Ботанический. Он передан в 1830 году на попечительство Министерства императорского дворца. Благодаря такому высокому покровителю, сад стал центром научных исследований. Позднее Ботанический сад был переподчинен Ведомству земледелия.

К своему 200-летию Ботанический сад был удостоен титула сада Петра Великого. Революция отменила все титулы, и сад получил статус Общесоюзного Ботанического сада. Забота о нем по сию пору возложена на Академию Наук. Питомники, цветники и аллеи сада открыты для посещений.

2011 год ознаменовался новыми украшениями в Ботаническом саду. Здесь был сооружен небольшой японский садик. Каменный пруд с чистой водой, миниатюрный остров, классические сосна с японским фонарем выглядят очень стильно.

Деревянно-черепичный чайный павильон, деревца сакуры в сочетании с прозрачной чисто водой озера привлекают сюда гостей Ботанического сада.